W całym Egipcie czczono około 800 różnych bogów, lecz większość z tych kultów miała charakter lokalny. Istniały tam trzy najważniejsze systemy kosmogoniczno-religijne: heliopolitański, hermopolitański i memficki.

Kapłani heliopolitańscy dążyli do nadania religii egipskiej charakteru solarnego. Utożsamiali oni Horusa z bogiem słońca Re. W systemie heliopolitańskim najważniejsza była enneada (tzw. "dziewiątka heliopolitańska") – czyli dziewięć najwyższych bóstw:

Atum – bóg zachodzącego słońca,

Szu – bóg powietrza,

Tefnut – bogini wilgoci,

Geb – bóg będący uosobieniem ziemi,

Nut – bogini będąca uosobieniem sklepienia niebieskiego,

Ozyrys – bóg śmierci, płodnej natury i odrodzonego życia, sędzia zmarłych, władca ziemi, podziemi i Krain Nieśmiertelnych,

Re – bóg słońca,

Set – władca burz i piorunów (wrogi Horusowi), brat i zabójca Ozyrysa,

Neftyda – żona Setha, siostra Ozyrysa,

Izyda – lokalna bogini miłości, nieba, magii, czarów, kobiet i dzieci, żona Ozyrysa, matka Horusa.

W teologicznym systemie kapłanów z Hermopolis (system hermopolitański), pozostających w opozycji do systemu heliopolitańskiego, występują cztery pary bogów:

Nun i Naunet – uosobienie (personifikacja) oceanu.

Huh i Hauhet – uosobienie wody i ruchu.

Kuk i Kauket – uosobienie ciemności panującej w pierwotnej przestrzeni.

Nat i Niau lub Amon i Amaunet.

Główną rolę w systemie memfickim odgrywała triada bogów, określana stąd triadą memficką:

Ptah – bóg stwórca

Sechmet – bogini wojny

Nefertum – bóg ziemi

Inni bogowie, których kult był powszechny, to:

Anubis – bóg zmarłych, strażnik cmentarzy, patron mumifikacji,

Aton – bóstwo słońca,

Bastet – bogini miłości, płodności i domu, również opiekunka kotów,

Bes – bóstwo ogniska domowego,

Chepri – bóstwo popychające tarczę słoneczną,

Chnum – pradawny bóg górnego Nilu, stwórca ludzi, miał na kole garncarskim ulepić człowieka,

Chonsu – bóg Księżyca, syn Amona i Mut, razem tworzyli triadę bóstw,

Hathor – bogini nieba, miłości i radości,

Horus – bóstwo Nieba i opiekun faraonów, syn Ozyrysa i Izydy,

Maat – bogini ładu, porządku, prawa i sprawiedliwości,

Min – bóstwo miasta Koptos, bóg urodzaju,

Montu – bóg wojny, uosobienie Horusa pod postacią boga zła koniecznego,

Renenutet – bogini żniw i płodów,

Seszat – bogini pisma, opiekunka kanałów królewskich,

Sobek – bóg wód,

Sokar – bóstwo zachodniej nekropolii,

Tatenen – bóstwo wód praoceanu,

Tawaret – bóstwo opiekuńcze kobiet rodzących dzieci,

Thot – bóg Księżyca, władca czasu, bóstwo mądrości i nauki – wynalazca pisma (hieroglificznego), posłaniec bogów,

Wadżet – patronka Dolnego Egiptu.

Amenhotep IV zniósł kult boga Amona i zastąpił go kultem Atona, boga tarczy słonecznej. Chcąc oddać cześć temu bogu, faraon przyjął imię Echnaton, co oznacza ,,światłość Atona".