Urodził się w Ajaccio na Korsyce, w niezamożnej rodzinie adwokata pochodzenia szlacheckiego Carla Marii Buonapartego i jego żony Letycji. Przodkowie Napoleona przybyli w XVI wieku na Korsykę z Ligurii (zachodnie Włochy). Miał liczne rodzeństwo: braci Józefa, Ludwika, Lucjana i Hieronima, oraz trzy siostry: Karolinę Bonaparte-Murat, Paulinę Bonaparte-Borghese i Elizę Bonaparte-Baciocchi. 21 lipca 1771 roku został ochrzczony jako katolik, w katedrze Ajaccio.

W styczniu 1779 roku został zapisany do szkoły religijnej w Autun, gdzie uczył się języka francuskiego. Nie nauczył się jednak poprawnej wymowy francuskiej i mówił z korsykańskim akcentem. Dzięki protekcji gubernatora Korsyki, w maju 1779 roku został przyjęty do szkoły wojskowej w Brienne-le-Château. Tam zyskał opinię samotnika, który wolał naukę od towarzystwa lepiej niż on sytuowanych kolegów. Od roku 1784 kontynuował naukę w l'École Militaire w Paryżu. Po zakończeniu nauki w 1786 roku, ze stopniem podporucznika, został przydzielony do służby w artylerii. Po śmierci ojca, mając 16 lat, zajął się bratem Ludwikiem, który odtąd z nim mieszkał w różnych koszarach i pobierał od niego nauki.

Po wybuchu rewolucji francuskiej od razu opowiedział się po jej stronie. Zgłosił się do korsykańskich powstańców Paolego, ten go jednak nie przyjął, więc przeszedł na stronę francuską. Kiedy Paoli w maju 1793 roku wywołał antyfrancuskie powstanie rodzina Bonaparte musiała uciekać z wyspy. W kwietniu 1791 roku został awansowany na porucznika. W roku 1793, dzięki poparciu Salicettiego (członka Konwentu, Korsykanina) i Augustina Robespierre'a (brata wszechwładnego Maximiliena) kapitan Buonaparte jako dowódca artylerii, przeforsował swój plan zdobycia zbuntowanego przeciwko Republice i bronionego z morza przez Anglików Tulonu i za zasługi w trakcie jego zakończonego sukcesem oblężenia został awansowany najpierw z kapitana na szefa batalionu, a potem na generała brygady.

Po upadku jakobinów, z którymi był związany, znalazł się chwilowo w więzieniu, a potem przez kilkanaście miesięcy pozostawał bez przydziału. Dopiero lider Dyrektoriatu Paul Barras, który pamiętał Napoleona z okresu oblężenia Tulonu, powołał go do objęcia dowództwa nad oddziałami broniącymi Republiki w czasie rojalistycznego powstania 13 Vendémiaire (5 października 1795). Pozwoliło to Napoleonowi kolejny raz wykazać się skutecznością, przez zastosowanie w walkach ulicznych artylerii. Po tym wydarzeniu został mianowany dowódcą wojsk wewnętrznych i generałem dywizji. 9 marca 1796, mając 27 lat, poślubił owdowiałą arystokratkę Józefinę de Beauharnais, która po śmierci swojego męża była kochanką Barrasa i kilku innych wpływowych polityków. To wówczas zmienił nazwisko, nadając mu francuską pisownię i wymowę. Kilka dni po ślubie z Józefiną, Napoleon objął dowództwo nad wojskami francuskimi walczącymi z Austriakami na terytorium północnej Italii i spekulowano, że stało się tak z powodu znajomości Józefiny.