W latach 1989 – 1991 Polska prowadziła bardzo ostrożną politykę wobec ZSRR. Powodem były przede wszystkim obawy Zachodu przed konfliktem z ZSRR oraz problemy związane ze zjednoczeniem Niemiec. Ale i czynniki wewnętrzne w postaci wielkiego uzależnienia gospodarczego Polski od tego kraju. A także dwie instytucje, do których Polska należała – Układ Warszawski i RWPG. W pierwszej fazie wzajemnych stosunków tworzono też nowe relacje prawne. We wrześniu 1989 roku nowy premier, Tadeusz  Mazowiecki potwierdził zobowiązania sojusznicze wynikające z przynależności do Układu Warszawskiego.

 W dniu 15 listopada 1990 roku podjęto dwustronne rokowania na temat wycofania wojsk radzieckich z Polski, i tranzytu wojsk radzieckich z Niemiec. Ustalono, że formacje bojowe zostaną wycofane z Polski do listopada 1992 a pozostałe jednostki do końca 1993 roku.

W polskim MSZ wypracowano koncepcje polityki dwutorowej polegającą na utrzymywaniu stosunków dyplomatycznych z ZSRR i z każdą republiką osobno. W październiku 1990 minister Skubiszewski spotkał się z władzami ZSRR oraz przedstawicielami rządów republik białoruskiej, litewskiej i ukraińskiej, które kilka miesięcy wcześniej uchwaliły deklarację suwerenności.

 Swoistym sprawdzianem takiej polityki stały się wydarzenia w republikach bałtyckich, w styczniu 1991 roku, kiedy te ogłosiły niepodległość, a władze ZSRR próbowały stłumić te wydarzenia siłą. Polska uznała legalne władze tych krajów. Oraz zaapelowała o pokojowe rozwiązanie tego konfliktu. W lutym 1991 roku minister Skubiszewski głosił, że jednym z priorytetów polskiej polityki jest rozwiązanie Układu Warszawskiego. W dniu 25 lutego 1991 roku podjęto decyzje, że od 31 marca rozpocznie się likwidacja struktur wojskowych Układu Warszawskiego. Struktury polityczne paktu zostały zlikwidowane 1 lipca 1991 roku. W dziedzinie gospodarczej najważniejszym celem było rozwiązanie RWPG. 28 czerwca 1991 członkowie tego porozumienia zebrani w Budapeszcie podjęli decyzję o jego likwidacji.

 Dwustronne stosunki miedzy Polską a ZSRR rozpoczęły się 10 października 1990 roku, kiedy podpisano „Deklarację o przyjaźni i dobrosąsiedzkiej współpracy” Szybko podjęto prace nad nowym traktatem międzypaństwowym i 10 grudnia 1991 parafowano „Traktat o przyjaźni i dobrosąsiedzkiej współpracy”. Po rozwiązaniu ZSRR traktat ten stał się przedmiotem dalszych prac. Władze rosyjskie podpisały go ostatecznie 22 maja 1992 roku. Od tej chwili rozpoczęła się nowa epoka w stosunkach polsko – rosyjskich. Jej podstawą jest zasada wzajemnego poszanowania suwerenności. Państwa-strony  uznały nienaruszalność swoich granic i wyrzekły się roszczeń terytorialnych. Zadeklarowały też gotowość do pokojowego rozstrzygania sporów oraz wyrzekły się agresji we wzajemnych stosunkach. RP i Federacja Rosyjska przyjęły zobowiązania dotyczące rozwoju wzajemnych stosunków gospodarczych, naukowych i kulturalnych, z uwzględnieniem zwrotu dóbr kultury. Przedmiotem kolejnych punktów traktatu były zagadnienia dotyczące współpracy regionalnej.

 Po uregulowaniu stosunków z Rosja, Polska zmieniła swój główny cel polityki zagranicznej. Nowy priorytet, to dążenie do członkostwa w NATO.

Wprawdzie początkowo nie spotkało się to ze sprzeciwem ze strony Rosji, ale już wiosną 1993 roku Rosja zaczęła protestować przeciwko rozszerzeniu NATO na wschód. W latach 1994 – 1995 nastąpiło pogorszenie stosunków polsko – rosyjskich. Rosja zaczęła zdecydowaną kampanię przeciwko rozszerzeniu NATO, poprzez m. ni. pogróżki wobec Polski. Do dalszego pogorszenia wzajemnych stosunków doszło gdy Polska skrytykowała rosyjską agresję w Czeczenii.

Mimo problemów politycznych, stosunki gospodarcze były dobre. W trakcie wizyty Borysa Jelcyna w Polsce, 25 sierpnia 1993 roku, podpisano porozumienie o budowie nowego gazociągu tranzytowego tzw. Jamał – Europa, który przebiegał przez terytorium Polski. Zawarto też umowę na dostawę rosyjskiego gazu do Polski. W styczniu 1995 roku uregulowano tez problem wzajemnego zadłużenia na zasadzie opcji zerowej oraz 20 mln dopłaty dla Polski. Nie udało się jednak rozstrzygnąć sporu o podział majątku po byłej RWPG.

 W latach 1996 – 1997 władze polskie przyjęły nową strategie: oddzielono kwestie bezpieczeństwa od innych dziedzin wzajemnych stosunków, przede wszystkim gospodarczych. W 1996 roku podpisano kontrakt na dostawy rosyjskiego gazu na 25 lat. W Polsce kontrakt ten był krytykowany. Zarzucano, że układ jest niekorzystny dla Polski, gdyż wprowadza złe warunki dostaw gazu i ogranicza inne źródła pozyskania tego surowca. W efekcie porozumienia o regulacji kwestii wzajemnego zadłużenia nastąpił wzrost wzajemnych obrotów handlowych. Kwestie rozszerzenia NATO na wschód nie wpływała już tak negatywnie na stosunki polsko- rosyjskie.

 W latach 1998 – 1999 doszło do destabilizacji politycznej w Rosji, co w znacznym stopniu ułatwiło wejście Polski do NATO, ale osłabiło kontakty handlowe miedzy obu krajami.

W dalszym ciągu istniały nierozwiązane problemy dotyczące historii. Moskwa, co prawda zezwoliła na podjęcie budowy polskich cmentarzy wojskowych, ale jednocześnie MSZ Federacji Rosyjskiej 14 września 1999 wydało świadczenia, w którym podważono fakt agresji radzieckiej na Polskę 17 września 1939.

 W 2000 roku rząd Jerzego Buzka ogłosił nową strategię w polityce zagranicznej wobec Rosji. Minister Bronisław Geremek podkreślił przede wszystkim dwa podstawowe założenia tej strategii: zobowiązanie się Polski do aktywnego wspierania przemian demokratycznych w państwach postradzieckich i ich proeuropejskiej orientacji oraz rozwiązanie polsko-rosyjskiego problemów dotyczących historii. W dniu 13 czerwca 2000 roku rząd polski przyjął „założenia polskiej polityki zagranicznej wobec Rosji”, dokument ten zawierał listę niezałatwionych problemów historycznych we wzajemnych stosunkach.

 Symbolicznym przełomem we wzajemnych stosunkach stała się nieoficjalna wizyta prezydenta A. Kwaśniewskiego w Rosji 10 lipca 2000 roku. Również polityka prezydenta W. Putina przyczyniła się do poprawy stosunków polsko – rosyjskich.

Wyrazem polepszenia tych stosunków była wizyta prezydenta Federacji Rosyjskiej W. Putina w Polsce 16 – 17 stycznia 2002 r. Prezydent Federacji Rosyjskiej zadeklarował chęć rozwiązania spornych problemów historycznych, m. in. zadośćuczynienia polskim ofiarom stalinizmu, w marcu 2002 roku powstała polsko-rosyjska komisja do rozwiązania problemów historycznych.

 Jednak z biegiem czasu stosunki polsko-rosyjskie ulegały stałemu pogorszeniu. Jednym z podstawowych powodów tego stanu rzeczy było polskie poparcie dla ukraińskiej „pomarańczowej rewolucji”. Mimo, że rząd Leszka Millera zrezygnował, z planowanego jeszcze za poprzedniego rządu, kontraktu gazowego z Norwegia, przez co zwiększył zależność Polski od dostaw gazu z Rosji. Moskwa wywierała stale różnego rodzaju naciski na władzę w Warszawie.

W lutym 2004 roku po raz pierwszy doszło do krótkotrwałej przerwy w dostawach gazu do Polski. Co prawda oficjalnym powodem były naciski Rosji na władze w Mińsku, ale szantaż gazowy Moskwy wobec Białorusi ugodził też rykoszetem w Polskę.

W sierpniu władze Rosji niemal zignorowały rocznicę wybuchu Powstania Warszawskiego, a rosyjskie MSZ w napastliwym tonie oświadczyło, że teza o roli ZSRR w zniszczeniu Powstania Warszawskiego przez zaniechanie pomocy jest „bluźniercza” wobec pamięci o poległych żołnierzach Armii Czerwonej. W tym samym czasie prezes IPN, Kieres, usłyszał w Moskwie, że Rosja nie uznaje zbrodni katyńskiej za ludobójstwo. Chodziło oczywiście o to, by zbrodnię tę objęło przedawnienie.

 Kolejne wizyty prezydenta Kwaśniewskiego w Moskwie nie były zgodnie z protokołem tj., równoważone przez rewizyty prezydenta Putina w Polsce. Przybył on wprawdzie na krótko w styczniu 2005 r., ale jedynie na uroczystość wyzwolenia obozu w Auschwitz. W lutym rosyjskie MSZ wydało z okazji rocznicy konferencji jałtańskiej oburzające oświadczenie, przedstawiające utratę niepodległości Polski jako sukces polskiej demokracji. W marcu strona rosyjska umorzyła bezskuteczne śledztwo w sprawie mordu katyńskiego, odmawiając ponownie uznania go za ludobójstwo. W tej sytuacji udział Kwaśniewskiego w obchodach 60-tej rocznicy triumfu ZSRR w II wojnie światowej w maju 2005 roku wywołał w Polsce liczne komentarze i kontrowersje. Kwaśniewski wyszedł, bowiem w skład orszaku wiwatującego na część ZSRR, ale otrzymał w tym orszaku dość dalekie miejsce. I nie uzyskał żadnych korzyści politycznych. W lecie doszło do pobicia polskich dziennikarzy i dyplomatów w Moskwie. W 2005 roku zamiast rocznicy rewolucji październikowej, obchodzono po raz pierwszy w Rosji 4 listopada święto narodowe - Dzień Jedności Narodowej, które upamiętnia usunięcie polskiego garnizonu z Kremla na początku XVII wieku.

 Wobec wzrostu cen ropy naftowej i gazu ziemnego gospodarka rosyjska rozwijała się szybko, toteż władze putinowskie nabrały pewności siebie i dążyły do wzmocnienia pozycji Rosji na arenie międzynarodowej. Jednym z tego przejawów była agresywna retoryka, Polska zaś stawała się w niej jednym z głównych celów ataków.

 W listopadzie 2005 roku Rosja wprowadziła zakaz importu polskiego mięsa, co było ewidentną szykaną w stosunku do naszego kraju. Wkrótce Kreml rozszerzył embargo na inne polskie artykuły spożywcze, co poważnie ograniczyło wymianę towarową Polski i Rosji. W styczniu 2006 roku Rosja poważnie ograniczyła z powodów politycznych dostawy gazu na Ukrainę, co również uderzyło w polskich odbiorców tego surowca. Kiedy ówczesny minister obrony Sikorski zdecydował się odtajnić agresywne plany Układu Warszawskiego sprzed wielu dziesięcioleci, władze rosyjskie zareagowały nerwowo, a kiedy w Warszawie zaczęto rozważać możliwość zainstalowania amerykańskiej „tarczy antyrakietowej”, Moskwa nie ukrywała już swojej wrogości do Polski.

 Obecnie, mówi się o minimalnym ociepleniu stosunków polsko-rosyjskich, po tym jak Donald Tusk poleciał z jednodniową wizytą do Moskwy, gdzie spotkał się z Władimirem Putinem. Po dojściu Platformy Obywatelskiej do władzy, Rosja zniosła embargo na polskie mięso.