Przez wieki trwały wojny między państwami Rusi a Szwecją o ziemie nadnewskie. Boje o te tereny toczyły się pod wodzą Aleksandra Newskiego (1240 r., 1242 r.) oraz w wojnie inflanckiej (lata 1558-1583). Dopiero jednak sukces Rosjan w wojnie północnej ostatecznie przywrócił owe ziemie Rosji. Po wygranej Rosji ze Szwedami w bitwach wielkiej wojny północnej i zdobyciu dostępu do M. Bałtyckiego rozpoczęto budowę nowej twierdzy Sankt-Piter-Burch (później zwanej Sankt Petersburgiem), co miało ostatecznie przypieczętować zwycięstwo Rosjan.

Za datę założenia miasta uznaje się 27 maja 1703 r. (16 maja 1703 r. wg kalendarza juliańskiego). Tego dnia z polecenia Piotra I na Wyspie Zajęczej (jednej z ponad 60 wysp w delcie Newy) rozpoczęto budowę Twierdzy Pietropawłowskiej. Prace prowadzone były tak szybko, że już pod koniec roku na wałach ziemnych fortecy stanęło 300 armat. Jeszcze w 1703 r. rozpoczęto budowę portu, budynków mieszkalnych, sieci dróg oraz drewnianego domku dla cara, znajdującego się do dziś nad Newą. Piotr kazał ściągnąć pod przymusem na kolonizowane ziemie masy robotników z całego kraju. Przybyło ich tak wielu, że Petersburg rozrastał się w niesamowicie szybkim tempie.

Miasto budowano w niezwykle trudnych warunkach (niskie temperatury w zimie, bagienne podłoże, dzikie, nieznane tereny). Często brakło przedmiotów codziennego użytku, wszystko łącznie z żywnością należało dowozić z południa Rosji. Aby wzmóc konstruowanie nowych budynków w 1714 r. car zabronił stawiać murowanych domów poza Petersburgiem w Rosji. Miasto rosło w szybkim tępie i z niespotykanym w ówczesnej Europie rozmachem. Początkowo miasto funkcjonowało nieoficjalnie jako Pietropol lub Pietropolis (gr. petros - kamień; polis - miasto).