Istotny wpływ na mikroflorę surowców roślinnych ma gleba, która jest zbiorowiskiem wszystkich grup mikroorganizmów reprezentowanych przez tlenowce i beztlenowce oraz formy wegetatywne i przetrwalnikowe. Największe zanieczyszczenie gleby występuje w warstwie powierzchniowej. Dominującymi są tu bakterie z rodzajów Bacillus, Clostridium, Pseudomonas, Proteus i in., a także drożdże, pleśnie i promieniowce. Wśród drobnoustrojów mogących zanieczyszczać surowce roślinne mogą występować również formy patogenne z rodzaju Listeria, Clostridium i Yersina. Nowoczesne technologie przetwórcze pozwalają w znacznym stopniu na eliminację mikrofl ory bytującej na surowcach roślinnych. Jednak istotne znaczenie ma właściwa selekcja surowca. Oprócz gleby stanowiącej istotne źródło mikroorganizmów, surowce roślinne narażone są na zanieczyszczenia mikrobiologiczne poprzez przenoszone w powietrzu cząsteczki kurzu i pyłu oraz opady atmosferyczne. W czasie wegetacji roślin źródłem zanieczyszczeń mikroorganizmami są owady i ptaki, natomiast podczas zbioru i przetwarzania – człowiek. Drobnoustroje zanieczyszczające surowiec roślinny znajdują się zwykle na jego powierzchni, wnikając w głąb tkanek w przypadku uszkodzeń powstałych w czasie zbioru, transportu, przechowywania i przetwarzania. W przypadku owoców, ze względu na ich niskie pH, mikrofl orę dominującą stanowią bakterie odporne na kwaśne środowisko, a stosunkowo duża zawartość cukrów prostych w owocach sprzyja rozwojowi drożdży fermentujących. W przypadku surowców owocowych poważny problem stanowi obecność różnego rodzaju pleśni powodujących zgniliznę. Powszechnie stosowane w przetwórstwie owoców operacje termiczne skutecznie niszczą formy wegetatywne bakterii, drożdże i strzępki grzybów. Przeżywają jednak endospory bakterii termofi lnych oraz spory i konidia pleśni termofi lnych. W tym przypadku szczególne znaczenie mają bakterie gatunku Alicyclobacillus acidoterrestris. Endospory tych bakterii są odporne na pasteryzację i niskie pH, a ich wzrost w środowisku może powodować zmętnienia, wytracanie osadów oraz niepożądany fenolowy zapach. W przemyśle fermentacyjnym szczególnie niepożądany jest rozwój drożdży dzikich z rodzaju Pichia i Candida. Ich rozwój powoduje obniżenie wydajności procesów przetwórczych oraz istotne pogorszenie cech sensorycznych produktów. Natomiast w kiszonkach powierzchniowy rozwój drożdży kożuchujących z rodzaju Candida rozkładających kwas mlekowy powoduje wzrost pH środowiska, co w konsekwencji sprzyja rozwojowi bakterii gnilnych. Ziarno zbóż jako surowiec roślinny jest również podatne na zakażenia mikrobiologiczne. Źródłami zakażeń w warunkach polowych są: gleba, kurz, woda, nawozy organiczne oraz zwierzęta. Ilość i rodzaj mikroorganizmów występujących na ziarnach zależą od miejsca uprawy, warunków klimatycznych oraz rodzaju zboża. Mikrofl orę zasiedlającą ziarna zbóż można podzielić na polową oraz wgłębną, która rozwija się w trakcie przechowywania surowca i powoduje jego zepsucie. Na terenie Polski ziarno zbóż najczęściej zakażają bakterie należące do rodzajów: Pseudomonas, Micrococcus, Lactobacillus i Bacillus. Grzyby polowe bytujące na ziarnie zbóż wykazują stosunkowo niską aktywność enzymatyczną, co powoduje ich istotną redukcję podczas prawidłowego przechowywania i magazynowania surowca. Natomiast grzyby przechowalnicze, w tym toksynotwórcze mogą rozwijać się w trakcie przechowywania ziarna. Znaczący problem w przechowalnictwie zbóż stanowią szkodniki magazynowe: głównie roztocza i owady. Wynikiem ich działalności, poza stratami magazynowymi, jest zanieczyszczanie ziarna wydalinami, wydzielinami i martwymi osobnikami. Mogą one również stanowić źródło zakażenia mikrobiologicznego ziarna. Chociaż większość bakterii chorobotwórczych zdecydowanie chętniej rozwija się w surowcach i produktach pochodzenia zwierzęcego, spora ich część zakażająca glebę może zanieczyszczać surowce roślinne. Zanieczyszczenie produktów pochodzenia roślinnego może być również wynikiem nieprawidłowego stanu higienicznego w trakcie procesów przetwórczych, magazynowania i dystrybucji. Charakterystyczną bakterią chorobotwórczą dla przetwórstwa surowców roślinnych jest Bacillus cereus. Z obecnością tych laseczek w żywności wiąże się określone zagrożenie dla zdrowia konsumentów. Środkami spożywczymi, które można uznać za nośniki tej bakterii, są produkty zbożowe, makarony, ryż, płatki. Bacillus cereus to Gram-dodatnie, tlenowe lub względnie beztlenowe laseczki zdolne do wytwarzania form przetrwalnych. Występują one naturalnie w środowisku glebowym. Z tego źródła, jako zanieczyszczenia pierwotne lub wtórne, mogą trafiać do surowców roślinnych, środowiska produkcyjnego lub do gotowych produktów, również pochodzenia zwierzęcego. Spory tych bakterii są ciepłoodporne, a ich formy wegetatywne mają zdolność wzrostu w temperaturach chłodniczych. Chorobotwórczość bakterii z grupy Bacillus cereus jest związana z produkcją przez nie toksyn i enzymów o charakterze toksyn. Dwa główne typy toksyn odpowiedzialnych za zatrucia pokarmowe wywołane przez Bacillus cereus to enterotoksyna i toksyna emetyczna, które powodują biegunkę lub wymioty.