Porozumienia genewskie przewidywały przeprowadzenie wyborów po obu stronach 17 równoleżnika (tymczasowej linii demarkacyjnej) do 20 lipca 1956 r. oraz jedność i integralność terytorialną kraju. Jednak wspierany przez USA premier Ngo Dinh Diem odwołał wybory motywując swoją decyzję brakiem możliwości przeprowadzenia uczciwych wyborów na północy ze względu na brak pluralizmu i wolności politycznej w rządzonej przez komunistów części kraju. Obawiał się także porażki w starciu wyborczym z twórcą niepodległego Wietnamu Ho Chi Minhem . Zamiast tego proklamował powstanie Republiki Wietnamu[4]. W rządach oparł się głównie na swoich współwyznawcach – katolickiej mniejszości religijnej popadając w ostry konflikt z buddyjską większością Wietnamczyków i buddyjskim duchowieństwem. Prześladował dawnych weteranów partyzantki antyfrancuskiej uważając ich za stronników komunizmu. W 1957 r. miejscowi komuniści rozpoczęli pierwsze działania przeciwko rządowi w Sajgonie . Początkowo ograniczały się one do sporadycznych zamachów na przedstawicieli administracji i podporządkowywania sobie ludności wiejskiej na bardziej odludnych terenach. Jednak działania komunistów w Wietnamie Południowym szybko zyskały wsparcie komunistów północnowietnamskich.

Laotańscy kulisi na Szlaku Ho Chi Minha zmierzający z dostawą na południe (przechwycona fotografia Vietcongu, 1959). W 1958 r. na 15. plenum Wietnamskiej Partii Pracujących Biuro Polityczne (Lao Dong) – większością głosów podjęło decyzję o poparciu powstania komunistycznego na Południu. Od tej chwili rozpoczęto przerzucanie na terytorium Republiki Wietnamu kadr partii komunistycznej i żołnierzy – pierwszych kilka tysięcy wysłano do Wietnamu Południowego już w 1959 r. Podjęto też budowę tzw. szlaku Ho Chi Minha , służącego do transportu na Południe oddziałów wojskowych i zaopatrzenia. Szlak biegł z Wietnamu Północnego wzdłuż granicy Wietnamu Południowego przez kontrolowane przez wietnamskich komunistów tereny Laosu i Kambodży . W efekcie siła bojowa wojsk komunistycznych w Wietnamie Południowym rosła w szybkim tempie, stając się poważnym zagrożeniem dla stabilności tego państwa. W latach 1960-1965 liczebność wojsk zwanych dla celów propagandowych Wietkongiem [6] wzrosła z 9 tysięcy do 130 tysięcy, z czego ponad 35 tysięcy stanowili żołnierze północnowietnamscy. W 1964 r. komuniści kontrolowali około połowy terytorium Wietnamu Południowego zamieszkanej przez 30 procent ludności. W 1960 r. z inicjatywy Wietnamskiej Partii Pracujących powstał Narodowy Front Wyzwolenia Wietnamu Południowego (NFW). Był to klasyczny " front ludowy " stworzony na wzór wcześniejszego Viet Minhu . Strategia tworzenia frontów ludowych została wcześniej wielokrotnie wykorzystana z sukcesem przez komunistów w wielu krajach świata, w tym w Europie Wschodniej. NFW miał sprawiać wrażenie reprezentacji większości społeczeństwa Wietnamu Południowego. Formalnie w jego skład wchodziło 30 organizacji politycznych i społecznych. W rzeczywistości był strukturą całkowicie kontrolowaną przez Lao Dong, odgrywając rolę oficjalnej przykrywki. Część organizacji wchodzących w skład NFW została wcześniej utworzona w tym celu przez komunistów, role kierownicze w nich sprawowali sympatycy lub członkowie partii komunistycznej, oddelegowani w celu “pełnienia obowiązków” związkowców, przywódców organizacji młodzieżowych czy rolniczych.

Straty amerykańskie wyniosły jedynie 21 samolotów B-52 (nie licząc ponad 1500 myśliwców osłony zestrzelonych przez Wietnamczyków którzy wygrywali z nimi nawet większość walk powietrznych – wg samych Amerykanów stracili ich w nich tylko 560, a Wietnamczycy aż 530 MiGów, oficjalne dane wietnamskie są trochę inne – łącznie ich lotnictwo, artyleria i rakiety plot zestrzeliły im 4181 samolotów i helikopterów), w tym 13 podczas katastrof lotniczych. Równocześnie podczas całej akcji Rolling Thunder prowadzono również intensywne ataki lotnicze przeciwko siłom komunistycznym na terytorium Wietnamu Południowego. Tu podczas nalotów dywanowych na masową skalę stosowano napalm i defolianty , aby zniszczyć dżunglę, która była oparciem partyzantki wietnamskiej. Następstwem zastosowania silnie trującej substancji Agent Orange , stała się w ciągu następnych lat choroba i inwalidztwo miliona Wietnamczyków oraz 100 000 żołnierzy amerykańskich.