W 1211 roku Zakon otrzymał od Andrzeja II Węgierskiego duże nadania na terenie Siedmiogrodu. Próby usamodzielnienia się Krzyżaków doprowadziły do wypędzenia ich z Węgier w 1224. W latach 1225-1226 Konrad Mazowiecki zaproponował przybycie na Mazowsze w zamian za nadanie ziemi Chełmińskiej, mieli oni podjąć walkę z Prusami. Ówczesny wielki mistrz Herman von Salza natychmiast wyjednał u cesarza uznanie ziemi Chełmińskiej (w tajemnicy przed Konradem) jako lenna cesarskiego. Cesarz nie mając do tego żadnego prawa, wydał w 1226 dokument zwany złotą bullą. Znalazło się tam zatwierdzenie darowizny ziemi Chełmińskiej i nadanie Zakonowi Prus. W 1234 roku Krzyżacy spreparowali dokument rzekomo wydany przez Konrada Mazowieckiego w Kruszwicy w 1230 roku. W sfałszowanym przywileju znalazło się stwierdzenie o nadaniu zakonowi na własność ziemi chełmińskiej i całych Prus. Papiez zatwierdził dokument i nazwał darowiznę „własnością św. Piotra”. W 1243 roku Prusy zostały oficjalnie lennem papieskim nadanym zakonowi. Państwo zakonne umacniało się. W 1235 roku połączyli się z małym zakonem braci dobrzyńskich, wchłaniając tym samym ziemię dobrzyńską. W dwa lata później połączyli się z inflanckim Zakonem Kawalerów Mieczowych. W 1308 roku w porozumieniu z pomorskim rodem możnowładczym – Święców – Brandenburczycy uderzyli na Gdańsk. Broniący Gdańska stronnik Łokietka – Bogusza zgodnie z instrukcjami swego księcia zwrócił się o pomoc do Zakonu. Krzyżacy wykorzystali to wezwanie, aby wkroczyć do Gdańska, zbrojnie usunąć załogę polska, a następnie wyciąć mieszczan sprzeciwiających się uznaniu nowego pana. Natychmiastowe protesty Łokietka, odwoływanie się do papieża nie przyniosły rezultatów. Węzłowym zagadnienie ostatnich lat panowania Władysława Łokietka był problem walki z Krzyżakami i sprzymierzonymi z nimi Janem Luksemburskim i uderzyli w 1327 roku na Kujawy i Wielkopolskę. Wtedy stoczono nierozstrzygniętą w roku 1331, bitwę pod Płowcami, która pomimo że nie zmusiła zakonu do oddania Pomorza, obaliła mit, że Krzyżacy są niezwyciężeni. Zakon nadal próbował atakować Kujawy i Wielkopolskę metodą wojen podjazdowych, jednak cierpliwa obrona i działania dyplomatyczne Kazimierza Wielkiego zmusiły wreszcie zakon do podpisania pokoju w Kaliszu w 1343 roku, w którym zakon zrezygnował z podboju Kujaw zaś przyszłość Pomorza i ziemi chełmińskiej miała być rozstrzygnięta przez sądy papieskie. Zakon jednak nie oddał nigdy dobrowolnie ani piędzi ziemi mimo trzech kolejnych wyroków sądu papieskiego nakazujących zwrot Pomorza i innych wcześniej zagarniętych ziem polskich (w Inowrocławiu w 1321 roku i Warszawie w 1339 roku.)