Jeszcze nie przebrzmiały ostatnie strzały kampanii wrześniowej, a w kraju rozpoczęto organizowanie podziemnego wojska i władz politycznych. Inicjatywa stworzenia centralnego kierownictwa podziemnego wyszła od gen. Michała Tokarzewskiego- Karaszewicza. Gen. Tokarzewski przeprowadził konsultacje z przedstawicielami głównych partii politycznych. Na zebraniach tych zaaprobowano projekt powołania do życia tajnej organizacji pod nazwą Służba Zwycięstwa Polski z gen. Tokarzewskim jako dowódcą. SZP miała być organizacją wojskowo – polityczną, której celem statutowym była walka o wyzwolenie Polski w granicach przedwojennych, odtworzenie armii w kraju oraz powołanie władzy tymczasowej. W połowie października gen. Tokarzewski wysłał meldunek o powstaniu SZP do Naczelnego Wodza Rydza – Śmigłego, który pozostawał na tym stanowisku do 07.11.1939 r. ,gdy nominację otrzymał gen. Sikorski ,który negatywnie ustosunkował się do koncepcji SZP, łączącej działalność polityczną z wojskową. Wiadomość o utworzeniu SZP zostały źle przyjęte w Paryżu. Zamiast poprzeć istniejącą organizację, gen. Sikorski postanowił ją rozwiązać i na jej miejsce powołać nową – Związek Walki Zbrojnej (ZWZ), podporządkowany ściśle rządowi emigracyjnemu. Na czele ZWZ stanął gen. Kazimierz Sosnowski przebywający we Francji. W ten sposób Sikorski odsunął gen. Tokarzewskiego – krajowego dowódcę o rozległych wpływach w środowisku sanacyjnym i dobrych kontaktach z politykami opozycyjnymi. Instrukcja ZWZ, przywieziona do kraju przez kuriera na początku stycznia 1940 r., wywołała u Tokarzewskiego zrozumiałe rozżalenie, a w Roweckim – zakłopotanie. Mimo to obaj zdecydowali włączyć stworzoną przez siebie sieć organizacyjną SZP do ZWZ, nalegając jedynie na mianowanie zastępcy komendanta głównego ZWZ w kraju. Ostatecznie 24.02.1940 r. na podobnym spotkaniu utworzono Polityczny Komitet Porozumiewawczy (PKP) przy ZWZ dla harmonizowania przygotowań wojska i społeczeństwa do walki o zwycięstwo nad obu okupantami oraz o niepodległość. Najważniejszym zadaniem PKP była koordynacja działań partii politycznych w celu odzyskania niepodległości. Reagowano więc na bieżące posunięcia okupantów, decydowano o szczegółowych problemach gospodarczych, społecznych , etycznych, naukowych i kulturalnych; rozpatrywano na przykład kwestie Volksdeutschów, organizowano pomoc dla Polaków wysiedlonych z terenów włączonych do Rzeszy, koordynowano akcję informacyjną i propagandową. Z akcji tej wyłaniały się stopniowo zarysy kodeksu postępowania społeczeństwa pod okupacją. Uznając gabinet Sikorskiego za rząd polski, PKP przyjmował jego decyzje za obowiązujące. Poza centralnym GKP w Warszawie podobne komitety powstały w innych miastach. Klęska Francji i przeniesienie rządu emigracyjnego RP do Londynu zbiegały się ze zmianą systemu dowodzenia armią podziemną. Depeszą z 18.06.1940 r. mianowano gen. Stefana Grota – Rowieckiego zastępcą Komendanta Głównego ZWZ z prawem decyzji w wypadku utraty łączności z rządem, a 30.06. w depeszy wysłanej już Anglii ustanowiono Komendę Główną ZWZ w kraju z Roweckim na czele. Cecha charakterystyczną powstającego konspiracyjnego ruchu politycznego i wojskowego było naturalne w warunkach działania tajnego rozproszenie organizacji związanych z określonymi środowiskami i kierunkami politycznymi. Dlatego też obok głównego nurtu rozwijały się liczne inicjatywy na mniejszą skalę, stopniowo łączone w jednolitą strukturę ZWZ i Delegatury Rządu. Niezależnie od centralnej organizacji podziemnego wojska i władz politycznych w kraju od samego początku okupacji działały liczne drobne ugrupowania, stawiające sobie za cel walkę o odzyskanie wolności. Pierwszym wystąpieniem zbrojnych po klęsce wrześniowej była kontynuacja walk przez partyzancki oddział WP mjr. Henryka Hubala – Dobrzańskiego aż do wiosny 1940 r. Organizacje wojskowe były tworzone prawie przez wszystkie partie działające w podziemiu. Cały powstający aparat wojskowy i polityczny rozwijał od początku w różnorodne formy działania. Trzon z Delegaturą i ZWZ na czele nie podejmował w zasadzie akcji zbrojnych na szerszą skalę, kierując się trzeźwą oceną szans i skupiając się na organizowaniu sieci konspiracyjnej, gromadzeniu broni, szkoleniu i wywiadzie. Wyjątkiem był rozkaz Sikorskiego, by podjąć działania sabotażowo – dywersyjne w okresie kampanii francuskiej w 1940 r. ,oraz rozkazy z lutego 1941 r., gdy istniała obawa, że Niemcy podejmą główny atak na Anglię. Formułowano zasady postępowania Polaków po okupacją i przygotowywano wymiar sprawiedliwości wobec łamiących te zasady kolaborantów. Akcję ośmieszającą okupanta hitlerowskiego prowadziła Organizacja Małego Sabotażu „ Wawer ” , utworzona w szarych szeregach pod dowództwem Aleksandra Kamińskiego w rocznice mordu wawerskiego. Ważna dziedziną pracy konspiracyjnej była informacja i propaganda. Informowały one społeczeństwo o rozwoju sytuacji europejskiej, kreśliły wizję przyszłości, podtrzymywały na duchu i kształtowały postawy społeczne wobec okupacyjnej rzeczywistości. Organizatorzy polskiego państwa i wojska podziemnego ponosili od początku okupacji ogromne ryzyko i płacili najczęściej życiem za swą działalność. Podziemie na ziemiach wschodnich nękały jeszcze silniejsze represje. W radzieckiej części okupowanej polski aparat terroru sięgał bowiem głębiej w zróżnicowane środowiska. Większość wybitniejszych polityków została wywieziona do więzień i łagrów według z góry przygotowanych list, a sieć konspiracji wojskowej rwała się na skutek aresztowań. Po uwięzieniu gen. Tokarzewskiego wysłany do Lwowa jako nowy Komendant obszaru ZWZ płk Leopold Okulicki odbudował częściowo organizacje lecz i on został aresztowany w styczniu 1941 r. Najcięższe ofiary nie powstrzymywały jednak organizatorów konspiracji od pracy na rzecz przyszłej Polski. Pomimo szalejącego terroru hitlerowskiego polskie podziemne władze polityczne i wojskowe rozszerzały zakres działalności. Centralna podziemna organizacja wojskowa –ZWZ – stopniowo wchłaniała organizację zbrojne zakładane żywiołowo przez różne środowiska i organizację polityczne. Proces ten jednak, zdaniem Naczelnego Dowództwa w Londynie, zbyt powolny. W związku z tym 14.02 1942 r. ZWZ przemianowano na Armię Krajową, która zgodnie z rozkazem Naczelnego Wodza podjęła akcję scalania podziemia wojskowego. Na czele AK stanął Komendant Główny gen. Stefan Grot – Rowecki. Cały kraj podzielono początkowo na trzy obszary AK : białostocki, lwowski i zachodni, obszary na okręgi odpowiadające województwom, okręgi zaś na obwody pokrywające się z powiatami i placówki odpowiadające gminą. Pod koniec 1942 r. AK liczyła ok. 200 tyś. Żołnierzy. Poza trzema obszarami znalazły się województwa centralne, podległe bezpośrednio Komendzie Głównej, która składała się z 31 jednostek sztabowych. Między innymi istniał tu oddział organizacyjny, informacyjno – wywiadowczy, łączności, kwatermistrzostwa, komunikacji, informacji i propagandy ,komenda dywersji oraz szefostwo biur wojskowych. Pierwszym zadaniem AK było łączenie różnorodnych organizacji wojskowych w jednolity system podziemnej armii. Wśród różnorodnych działań podejmowanych przez AK duże znaczenie miało utrzymanie łączności między krajem i rządem emigracyjnym oraz Wodzem Naczelnym, a za ich pośrednictwem – z rządami alianckimi. W ramach szkolenia armia podziemna zorganizowała szkoły podchorążych rezerwy piechoty z pięciomiesięcznym programem nauki oraz szkoły podoficerskie z programem czteromiesięcznym, a także specjalne kursy dywersyjne, czołgowe, artyleryjskie i inne. W 1943 r. w szkołach tych kształciło się ok. 3 000 uczniów. Gromadzone przez AK uzbrojenie pochodziło z zapasów zakopanych przez oddziały polskie po wrześniu 1939 r., zakupów i zdobyczy, produkcji własnej i zrzutów. Istotna dziedziną pracy AK był wywiad. który na terenie Rzeszy opierał się on na osobach wywiezionych tam na roboty przymusowe, A na okupowanych przez Niemcy terenach Rosji – na organizacji Todta, do której wstąpiły na rozkaz władz podziemnych setki agentów polskiego wywiadu. W tych warunkach nie uszły uwagi polskiego wywiadu niemieckie przygotowania do ataku na Związek radziecki, a w kwietniu 1942 r. nawiązano przejściowo łączność między radiostacją KG AK i polską misją wojskową w Moskwie. Jednym z największych sukcesów wywiadu AK było wykrycie i zlokalizowanie produkcji pocisków rakietowych V 1, czego rezultatem był nalot kilkuset bombowców alianckich na bazę w Peenemuende w marcu 1943 r. Wywiad polski zbudował też kopię hitlerowskiej maszyny do szyfrowania „ Enigma „. Trzej kryptolodzy, którzy w latach trzydziestych złamali szyfry niemieckie : Marian Rejewski, Jerzy Różycki i Henryk Zygalski pracowali w latach wojny we Francji i Anglii, dzięki czemu depesze Hitlera i jego dowódców nie stanowiły dla aliantów tajemnicy. Równolegle do działań delegatury również w Komendzie Głównej AK zorganizowano Biuro Informacji i Propagandy ( BIP ) z płk. Janem Rzepeckim na czele. Jego działalność polegała na rozpowszechnianiu wiadomości o sytuacji w kraju i na frontach europejskich oraz o stanowisku rządu RP, władz podziemnych, komentarzy kształtujących postawy obywatelskie i patriotyczne, zwalczające propagandę hitlerowską i komunistyczną, a także szerzących dywersje wśród okupantów. W lipcu 1942 r. Komendant Główny AK gen. Rowecki zdecydował o przejściu od biernego oporu do ograniczonej walki i uzyskał zgodę Wodza Naczelnego na poszerzenie zakresu walki zbrojnej. Na decyzje te wpłynęło także zahamowanie zwycięstw niemieckich na frontach, udoskonalenie struktury organizacyjnej AK oraz rosnąca ilość ludzi „spalonych”, dla których partyzantka była jedynym wyjściem. System wychowawczy Szarych Szeregów okazał się na tyle wartościowy, że wkrótce dowództwo AK zezwoliło na zorganizowanie harcerskiej podchorążówki „Agrykola” i innych kursów. Kedyw rozbudowywał też oddziału partyzanckie w terenie. Partyzantka miała na celu rozszerzenie działań sabotażowo-dywersyjnych i przygotowanie bojowe żołnierzy AK do przyszłego powstania powszechnego. Po połowie 1943 r. na całym obszarze przedwojennej polski działało już 50 oddziałów partyzanckich podporządkowanych centralnemu kierownictwu podziemnego wojska polskiego. W miarę przybliżania się frontu wschodniego i momentu powstania narodowego, konsolidowała swe siły Armia Krajowa. Jej dowództwo przeżyło w lecie 1943 r. poważny wstrząs. 30.06.1943 r. Gestapo aresztowało gen. Stefana Grota-Roweckiego, głównego twórcę podziemnego wojska. Został on przewieziony do centrali gestapo w Berlinie, a następnie został zamordowany, prawdopodobnie Sachsenhausen w sierpniu 1944 r. Funkcję Komendanta Głównego AK powierzył Naczelny Wódz awansowanemu na generała Tadeuszowi Borowi-Komorowskiemu. Podziemna armia rosła w siłę. O ile pod koniec 1942 r. AK liczyła 200 tyś żołnierzy i oficerów, o tyle w lecie 1944 r. jej stan wynosił już 390 tyś. Podejmowane przez te oddziały działania stopniowo się nasilały. Z akcji AK należy wymienić akcję „ Wieniec”, a mianowicie równoczesne przerwanie torów kolejowych wokół Warszawy ( październik 1942 r. ), odbicie więźniów pod Arsenałem warszawskim ( marzec 1943 r. ), akcję „Julia” – wysadzenie torów, mostów i transportów kolejowych na węźle Przemyśl- Sanok –Rzeszów, akcję „Taśma” – zniszczenie niemieckich strażnic na wschodniej granicy GG oraz – zyskujący największy rozgłos zamach na dowódcę SS i policji w Warszawie Franza Kutscherę (luty 1944 r.). Ogółem w Warszawie w okresie okupacji zanotowano ok. 700 większych akcji zbrojnych o charakterze dywersyjnym przeciwko okupantowi. Lata 1943 -1944 przyniosły poważny rozwój partyzantki AK. Od wiosny 1944 r. lasy polskie roiły się od oddziałów partyzanckich panujących nad dużymi obszarami wsi lubelskiej, kieleckiej, warszawskiej wileńskiej, łódzkiej czy krakowskiej. Głównym celem podziemnej armii polskiej oraz władz politycznych było przygotowanie powszechnego powstania przeciw Niemcom w momencie załamania się ich potęgi. W miarę posuwania się nowej ofensywy radzieckiej zbliżała się chwila wybuchu projektowanego powstania zbrojnego przeciw Niemcom w Warszawie. Decyzja o powstaniu dojrzewała w Warszawie w straszliwym napięciu. Kierownictwo Polski Podziemnej zdawało sobie sprawę, że zbyt wczesne uderzenie pozwoli Niemcom zgnieść powstanie, zbyt późne zaś – pozbawi legalne władze RP wpływów na bieg wypadków. Nie podjęcie walki przez AK mogłoby posłużyć jako dowód potwierdzający fałszywe twierdzenia radzieckie, iż polska armia podziemna nie reprezentuje większej siły i nie chce walczyć z Niemcami. 01.08.1944 r. o godzinie 17.00 nadeszła godzina „W”. Oddziały AK, odróżniające się od ludności cywilnej biało-czerwonymi opaskami na rękawach zaatakowały garnizony niemieckie. Reakcje aliantów zachodnich na powstanie była dwuznaczna. Prasa angielska i BBC milczały na ten temat. Tymczasem w Warszawie trwały zaciekłe walki. Pierwsze dni przyniosły powstańcom pewne sukcesy. Garnizon niemiecki w stolicy zepchnięto do obrony i dopiero wsparcie oddziałów szturmowych zahamowało rozprzestrzenianie się powstania. Przez cały czas powstania rząd RP w Londynie i władze krajowe wzywały aliantów do udzielenia pomocy walczącej Warszawie. W dniu 12.08. RJN wydała apel do narodów sprzymierzonych stwierdzający, że powstanie nie otrzymało znaczącego wsparcia z Zachodu, a żadnego od ZSRR. W ostatnich dnia września położenie wojsk powstańczych i ludności stolicy, pozbawionych wody, żywności, prądu i dachu nad głową, stało się katastrofalne. 02.10.1944 r. w kwaterze gen. Von dem Bacha – Zalewskiego w Ożarowie przedstawiciele KG AK podpisali po 63 dniach walki akt kapitulacji powstania. Po upadku Powstania Warszawskiego dowództwo AK, na której czele stanął gen. Leopold Okulicki, oraz delegatura rządu i RJN skupiły swoje struktury w miejscowościach podwarszawskich w Częstochowie i Krakowie. W drugiej połowie stycznia 1945 r. rozpoczęła się ofensywa Armii Czerwonej, w wyniku której do końca tego miesiąca zajęty został cały obszar przedwojenny RP. 19.01.1945 r. Okulicki zdecydował o rozwiązaniu AK, uznając, że jest to jedyny sposób uratowania żołnierzy podziemia przed represjami sowieckimi. W końcu marca 1945 r. NKWD dokonało podstępnego aresztowania przywódców Polski podziemnej w tym gen. Okulickiego, delegata rządu Jankowskiego i podległych mu ministrów oraz przewodniczącego RJN Kazimierza Pużaka. Wydarzenie to nazwano „procesem szesnastu. Oskarżono ich o przynależność do nielegalnej organizacji, prowadzenie działalności dywersyjnej, szpiegowskiej i terrorystycznej, wymierzonej przeciwko Związkowi Sowieckiemu, oraz współpracę z Niemcami. Zachodni sojusznicy Polski nie zaprotestowali przeciwko procesowi. Ostatni dowódca AK, ostatni delegat rządu i minister Jasiukowicz zmarli w sowieckich więzieniach. „Proces szesnastu” , powstanie TRJN i wycofanie poparcia dla rządu RP przez Zachód doprowadziły do rozwiązania 01.08.1945 r. działających już i tak w szczątkowej formie Delegatury Rządu na Kraj i Rady Jedności Narodowej