W powieści „Nad Niemnem” Eliza Orzeszkowa stworzyła świat podzielony rozmaitymi konfliktami, pragnąc pokazać, iż dobra wola, wzajemne zrozumienie i szacunek mogą owe konflikty uczynić konstruktywnymi i owocnymi w budowaniu wspólnej – lepszej – przyszłości. Jedną z osi podziału jest oczywiście spór toczący się pomiędzy mieszkańcami korczyńskiego dworu a Bohatyrowiczami, rozwiązany w finale powieści dzięki uczuciu przedstawicieli tych dwóch światów – Justyny Orzelskiej i Janka Bohatyrowicza. Zupełnie innego rodzaju konflikt tworzy natomiast podział wewnątrz każdej z tych społeczności – jawi się on jako mur niezrozumienia pomiędzy dojrzałym a wchodzącym właśnie w dorosłość pokoleniem. Najwyraźniej ów konflikt rysuje się w relacji pomiędzy Benedyktem Korczyńskim a jego synem Witoldem. Dwudziestoletni młodzieniec jawi się jako typowy pozytywista, pełen entuzjazmu, energii i wiary w efektywność pracy u podstaw, która ma w przyszłości zaowocować solidarną pracą szlachty i chłopstwa nad rozwijaniem ojczyzny i poprawianiem warunków bytowania przedstawicieli wszystkich klas społecznych. Jego demokratyczne poglądy brzmią dla Benedykta znajomo – w jego wieku również myślał podobnie, pragnąc być blisko ludu i wspólnie z nim kontynuować dzieło swego brata, Andrzeja, który ramię w ramię z Jerzym i Anzelmem Bohatryrowiczami walczył o wolną Polskę. Trudy codzienności uśpiły jednak piękne idee i z biegiem lat wymogły na Benedykcie twardą, pragmatyczną postawę wobec życia, która każe mu wykłócać się z Bohatyrowiczami o kawałek ziemi i sporo wymagać od chłopów pracujących w jego majątku. Pozytywistyczne poglądy Witolda uważa pierwotnie za „szaleństwo” nierozważnego chłopca, który naczytał się za dużo rewolucjonistycznych książek, w końcu zauważa jednak, że syn jest „powracającą falą” – w jego postaci odrodził się ukochany brat, który szanował lud, pragnął mu pomóc i rozumiał, że sam może wiele osiągnąć dzięki jego pomocy. Pierwszym poważnym krokiem, jaki Benedykt poczyni dla zniwelowaniu konfliktu ze swym synem, będzie darowanie mieszkańcom Bohatyrowiczów długu, którego nie byliby w stanie spłacić. Różnica pokoleniowa stanowi również źródło specyficznego konfliktu, jaki dzieli Martę Korczyńską i Justynę. W początkowych rozdziałach powieści młoda wychowanka domu Korczyńskich jawi się jako romantyczka, znajdując się w opozycji do zgorzknienia i skrajnego pragmatyzmu Marty. Podobnie, jak w przypadku Benedykta i Witolda, kobiety dzieli życiowe doświadczenie, które w przypadku starszej z nich zabiło wiarę w młodzieńcze ideały, przyczyniając się do rozczarowania i zgorzknienia. W młodości Marta pokochała chłopa, Anzelma, zrezygnowała jednak ze swojego szczęścia w obawie przed „ludzkim śmiechem” i ciężką pracą, jaka czekała ją w wiejskim gospodarstwie, skazując się tym samym na samotność i życie na cudzej łasce. Dwadzieścia lat później jej sytuacja powraca w niezmienionej niemal formie w losach Justyny, przedstawicielka nowego, silnego i demokratycznego pokolenia nie cofa się jednak przed swoim instynktem i wybiera szczęście u boku Janka Bohatyrowicza, odrzucając blichtr salonów, który kiedyś wydał się Marcie wartościowszym od ukochanego. Najbardziej dramatyczną formę konflikt pokoleń przyjmuje jednak pomiędzy Andrzejową Korczyńską a Zygmuntem. Wdowa po powstańcu styczniowym spędziła całe swe dorosłe życie na żalu po stracie ukochanego człowieka, żywiąc jednocześnie bezgraniczny szacunek w stosunku do jego czynu, bardzo bolesną okazuje się więc konstatacja, iż jej ukochany syn nie potrafi tego poświęcenia zrozumieć i docenić, pragnąc jedynie łatwego życia bez niepotrzebnych obciążeń; takim obciążeniem dla młodego artysty-kosmopolity jest miłość do zniewolonej ojczyzny i szacunek wobec tych, którzy dla niej oddali swoje życie. W przypadku tej pary konflikt okazuje się więc na tyle głęboki i bolesny, iż jako jedyny spośród wszystkich, jakie zostały zaprezentowane w powieści, nie zakończy się próbą wyjścia obu stron naprzeciw sobie i zaistnieniem jakiejkolwiek nici porozumienia.