Miasto jest szczególnie znane z wojny, opisanej w starogreckim poemacie epickim Iliada. Poemat ten przypisuje się Homerowi. Najprawdopodobniej powstał on w VIII lub IX wieku p.n.e. (jakkolwiek zawiera też starszy materiał). Odniesienia do Troi można znaleźć także w innym eposie Homera, Odysei. Homerycka legenda o Troi została wykorzystana przez rzymskiego poetę Wergiliusza w jego poemacie epickim Eneida. Według legendy miasto to zostało zdobyte za pomocą podstępu z koniem trojańskim. Obecnie uważa się, że Troja była miastem usytuowanym na wzgórzu Hisarlık w dzisiejszej Turcji. Pierwsze badania na tym terenie przeprowadził w latach 1871-1894 niemiecki archeolog-amator Heinrich Schliemann z asystującym mu od 1882 Wilhelmem Dörpfeldem. Odkryli oni na wzgórzu pozostałości 9 miast zakładanych w tym samym miejscu. Późniejsze badania z udziałem Carla Blegena w latach 1932-1938 przyniosły pierwsze poważne opracowanie naukowe. W 1989 roku pracę na tym terenie rozpoczęła misja Manfreda Korfmanna z Tybingi. Dopiero ta misja rozpoczęła prace nie tylko na cytadeli, ale też w tzw. dolnym mieście, które znajdowało się u jej stóp i miało kilkakrotnie większą powierzchnię.

Opisana w Iliadzie Troja była najprawdopodobniej szóstym lub siódmym miastem zbudowanym na wzgórzu Hisarlık. Została zburzona w połowie XIII wieku p.n.e., albo na początku XII wieku p.n.e. Niektórzy uczeni identyfikują Troję z miastem zwanym przez Hetytów Wilusa. Ostatnie miasto (Troja IX) zostało założone przez cesarza rzymskiego Oktawiana Augusta w I wieku n.e. i upadło ostatecznie 300 lat później w czasach Bizancjum.

Miasto to zostało wpisane na światową listę dziedzictwa kultury UNESCO w 1998 r.