Państwowa Agencja Atomistyki jest urzędem działającym na podstawie ustawy z dnia 29 listopada 2000 r. Prawo atomowe. Jej celem jest zapewnianie obsługi Prezesa Państwowej Agencji Atomistyki, który jest centralnym organem administracji rządowej. Prezes Agencji powoływany jest przez Prezesa Rady Ministrów na wniosek Ministra Środowiska. Jego kandydatura wyłaniana jest w drodze otwartego przetargu, a kandydaci na to stanowisko muszą spełniać szereg wymogów formalnych min. posiadać obywatelstwo polskie, być niekaralnymi a także posiadać wykształcenie i wiedzę z zakresu działalności Agencji. Obecnym Prezesem jest powołany w marcu 2016 r. Andrzej Przybycin, który zajmował wcześniej przez kilkanaście lat kierownicze stanowiska w Ministerstwie Środowiska oraz Państwowym Instytucie Geologicznym. Agencja działa pod bezpośrednim kierownictwem Prezesa, który kieruje nią przy pomocy Wiceprezesa i Dyrektora Generalnego. Strukturę organizacyjną Agencji określa statut nadany przez Ministra Środowiska. Zgodnie z nim Agencja dzieli się na siedem komórek organizacyjnych - Gabinet Prezesa, Biuro Dyrektora Generalnego, Centrum do Spraw Zdarzeń Radiacyjnych oraz cztery departamenty: Bezpieczeństwa Jądrowego, Ochrony Radiologicznej, Prawny oraz Ekonomiczno-Budżetowy. Dodatkowo przy Agencji działa Rada ds. bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej która pełni zadania opiniodawcze i doradcze. Jej skład powoływany jest przez Ministra Środowiska na czteroletnią kadencję. Obecna rada liczy pięciu członków, będących wybitnymi specjalistami z zakresy bezpieczeństwa jądrowego i ochrony radiologicznej. Jak można przeczytać na stronie internetowej Agencji, jej misją jest zapewnienie, by wszelka działalność mogąca powodować promieniowanie jonizujące była prowadzona w sposób bezpieczny dla pracowników, społeczeństwa i środowiska. Osiągnięcie tego celu ma być możliwe poprzez realizację celów strategicznych: zwiększenia poziomu zabezpieczeń źródeł promieniotwórczych w Polsce oraz wdrożenia zintegrowanego systemu zarządzania. Zgodnie z ustawą głównym zadaniem Prezesa, jest wykonywanie zadań związanych z zapewnianiem ochrony radiologicznej kraju oraz bezpieczeństwa jądrowego. W związku z tym pełni on funkcję naczelnego organu dozoru jądrowego. Do jego najważniejszych zadań w tym zakresie należy wydawanie zezwoleń na wykonywanie działalności związanej z narażeniem na promieniowanie jonizujące, oraz przeprowadzanie kontroli przy pomocy podległego mu Departamentu Ochrony Radiologicznej. Warto zaznaczyć, że w celu skutecznej realizacji kontroli, pracownikom którzy je przeprowadzają nadano szeroki wachlarz uprawnień min. do swobodnego wstępu na teren kontrolowanego obiektu o każdej porze dnia i nocy. Kolejnym z zadań Prezesa jest wydawanie uprawnień do pracy w obiektach jądrowych i innych jednostkach w których występuje narażenie na promieniowanie jonizujące. Warunkiem uzyskania takiego uprawnienia jest min. odpowiedni stan zdrowia, wykształcenie, doświadczenie zawodowe, a także ukończenie wymaganego szkolenia i zdanie odpowiedniego egzaminu. Równie istotnym zadaniem Agencji jest dokonywanie systematycznej oceny sytuacji radiacyjnej kraju. Jego realizacją zajmuje się specjalna komóra - Centrum ds. Zdarzeń Radiacyjnych (CEZAR). Centrum dokonuje oceny na podstawie danych pozyskanych z monitoringu radiacyjnego oraz informacji na temat zdarzeń radiacyjnych w kraju i poza nim. Kolejnym z wymienionych zadań jest działalność informacyjna i edukacyjna. Jest ona realizowana zgodnie z przyjętą w 2014 r. strategią komunikacji i opiera się na kilku działaniach: opracowywaniu i udostępnianiu Rocznego raportu z działalności, wydawaniu kwartalnie ukazującego się Biuletynu „Bezpieczeństwo Jądrowe i Ochrona Radiologiczna”, aktywnej działalności informacyjnej Rzecznika Prasowego Agencji w serwisie Twitter a także opracowywaniu Prezentacji multimedialnych, które w przejrzysty i przystępny sposób opisują działalność Agencji. Pozostałe zadania Agencji to między innymi prowadzenie krajowego systemu ewidencji materiałów jądrowych oraz podejmowanie odpowiednich działań w przypadku powstania zdarzeń radiacyjnych.