Za datę wprowadzenia religii chrześcijańskiej do Japonii uważa się rok 1549, kiedy to do Nagasaki przybył święty Franciszek Ksawery w towarzystwie dwóch innych misjonarzy jezuickich. Mimo licznych trudności praca misyjna przynosiła szybkie rezultaty. Liczba konwertytów rosła, wznoszono kolejne kościoły. Przyjęcie wiary przez wpływowych samurajów, w tym również daimyō powodowało, że ich podwładni i podlegli im chłopi również przechodzili na chrześcijaństwo. Jednak względy polityczne sprawiły, iż rozpoczął się w Japonii okres prześladowania chrześcijaństwa. W 1587 roku Toyotomi Hideyoshi wydał zakaz wyznawania chrześcijaństwa, a misjonarzom nakazał opuszczenie kraju. W 10 lat później doszło do pierwszego publicznego ukrzyżowania dwudziestu japońskich chrześcijan i sześciu misjonarzy cudzoziemskich. Wraz z nadejściem kolejnego okresu w historii Japonii – okresu Edo , prześladowania nasiliły się. Wyłapywani przez władze chrześcijanie byli poddawani licznym torturom, a jeśli mimo tego nie wyparli się wiary, czekała ich męczeńska śmierć . Chrześcijaństwo w Japonii musiało zejść do podziemia. Powstawały gminy ukrytych chrześcijan , jednak pozbawione opieki duchownej i zmuszone do ukrywania wiary odeszły bardzo daleko od pierwotnego kanonu. W 1640 roku Japonia weszła w okres izolacji. Jedynie kupcy Holenderscy mogli przybywać do portów w pobliżu Nagasaki, jednak przed zejściem na ląd byli zmuszani do deptania symboli chrześcijańskich. Pod groźbą najsurowszych kar było zakazane przywożenie pism czy dzieł ikonograficznych związanych z chrześcijaństwem. Dopiero w drugiej połowie XIX wieku, pod naciskiem mocarstw zachodnich nastąpiło stopniowe otwieranie się Japonii na świat i co za tym idzie na religię chrześcijańską. W 1875 w Kioto powstał pierwszy Uniwersytet Chrześcijański. Niestety okres ten nie potrwał zbyt długo – incydenty antychrześcijańskie znów przybrały na sile, gdy Japonia rozpoczęła zbrojną ekspansję w czasie II Wojny Światowej . Dopiero po kapitulacji Japonii w 1945 roku ustały wszelkie prześladowania i chrześcijaństwo weszło w nową fazę rozwoju na Wyspach Japońskich.