W całym Egipcie czczono około 800 różnych bogów, lecz większość z tych kultów miała charakter lokalny. Istniały tam trzy najważniejsze systemy kosmogoniczno-religijne: heliopolitański, hermopolitański i memficki.

Kapłani heliopolitańscy dążyli do nadania religii egipskiej charakteru solarnego. Utożsamiali oni Horusa z bogiem słońca Re. W systemie heliopolitańskim najważniejsza była enneada (tzw. “dziewiątka heliopolitańska”) – czyli dziewięć najwyższych bóstw: Atum – bóg zachodzącego słońca, Szu – bóg powietrza, Tefnut – bogini wilgoci, Geb – bóg będący uosobieniem ziemi, Nut – bogini będąca uosobieniem sklepienia niebieskiego, Ozyrys – bóg śmierci, płodnej natury i odrodzonego życia, sędzia zmarłych, władca ziemi, podziemi i Krain Nieśmiertelnych, Re – bóg słońca, Set – władca burz i piorunów (wrogi Horusowi), brat i zabójca Ozyrysa, Neftyda – żona Setha, siostra Ozyrysa, Izyda – lokalna bogini miłości, nieba, magii, czarów, kobiet i dzieci, żona Ozyrysa, matka Horusa.

W teologicznym systemie kapłanów z Hermopolis (system hermopolitański), pozostających w opozycji do systemu heliopolitańskiego, występują cztery pary bogów: Nun i Naunet – uosobienie (personifikacja) oceanu. Huh i Hauhet – uosobienie wody i ruchu. Kuk i Kauket – uosobienie ciemności panującej w pierwotnej przestrzeni. Nat i Niau lub Amon i Amaunet.

Główną rolę w systemie memfickim odgrywała triada bogów, określana stąd triadą memficką: Ptah – bóg stwórca Sechmet – bogini wojny Nefertum – bóg ziemi

Inni bogowie, których kult był powszechny, to: Anubis – bóg zmarłych, strażnik cmentarzy, patron mumifikacji, Aton – bóstwo słońca, Bastet – bogini miłości, płodności i domu, również opiekunka kotów, Bes – bóstwo ogniska domowego, Chepri – bóstwo popychające tarczę słoneczną, Chnum – pradawny bóg górnego Nilu, stwórca ludzi, miał na kole garncarskim ulepić człowieka, Chonsu – bóg Księżyca, syn Amona i Mut, razem tworzyli triadę bóstw, Hathor – bogini nieba, miłości i radości, Horus – bóstwo Nieba i opiekun faraonów, syn Ozyrysa i Izydy, Maat – bogini ładu, porządku, prawa i sprawiedliwości, Min – bóstwo miasta Koptos, bóg urodzaju, Montu – bóg wojny, uosobienie Horusa pod postacią boga zła koniecznego, Renenutet – bogini żniw i płodów, Seszat – bogini pisma, opiekunka kanałów królewskich, Sobek – bóg wód, Sokar – bóstwo zachodniej nekropolii, Tatenen – bóstwo wód praoceanu, Tawaret – bóstwo opiekuńcze kobiet rodzących dzieci, Thot – bóg Księżyca, władca czasu, bóstwo mądrości i nauki – wynalazca pisma (hieroglificznego), posłaniec bogów, Wadżet – patronka Dolnego Egiptu.

Amenhotep IV zniósł kult boga Amona i zastąpił go kultem Atona, boga tarczy słonecznej. Chcąc oddać cześć temu bogu, faraon przyjął imię Echnaton, co oznacza ,,światłość Atona".